El propio Atutxa le acusó de «totalitarismo», desde CiU se exige su cese y IU considera que «no le funciona bien la cabeza». Juan María Atutxa, como principal interesado, acusó al delegado de Gobierno de «carácter totalitario» como demuestra que diera por cerrada una decisión que los jueces aún no han analizado, y por «la satisfacción que le daría ver procesado a un conciudadano». Más claro se mostró el secretario general de CiU, Josep Antoni Duran i Lleida, al exigir «el cese o la dimisión» de Villar al considerar que no da muestras de una actitud institucional, y «no es la primera vez».
Por lo tanto, pidió al Ejecutivo que «asuma de una vez que tiene allí a una persona que no es apta para ejercer esta responsabilidad y que sería conveniente cambiarla y poner a otra persona más templada, que situara las instituciones por encima de sus intereses de persona y de partido». Explicó que el cumplimiento o no del auto de Garzón, razón que justificó que Villar pidiera el procesamiento de Ibarretxe y Atutxa, «debe analizarse en los cauces judiciales para saber si es correcto».
La reacción del coordinador general de IU, Gaspar Llamazares ha sido asegurar que a Enrique Villar «no le funciona bien la cabeza» y que sus declaraciones ponen de manifiesto una vez más que algo no va bien en la democracia española, pues «una cosa son las diferencias políticas y otra muy distinta la confrontación entre instituciones democráticas». Llamazares también afirmó que el traslado de los desacuerdos políticos al ámbito penal escandaliza a los ciudadanos, «que perciben que las instituciones democráticas no son capaces de ponerse de acuerdo para luchar contra el terrorismo».
El portavoz del PNV en el Congreso, Iñaki Anasagasti, manifestó que Villar está haciendo un «magnífico papel» para el que se le ha encargado, «para la confrontación y para el tensionamiento de la sociedad». En este sentido, recordó que hace muy poco Villar «le faltó el respeto al euskera, dijo que los nombres como Aitor y otros en euskera eran sospechosos, también dijo que en las ikastolas se fomentaba el odio a España, y ahora, insulta y quiere ver procesados a Juan Mari Atutxa y al lehendakari».