Hernando destacó que «por desgracia» el delito de desacato a los tribunales ha desaparecido del Código Penal, pero, sin embargo, ahora existe el de desobediencia a los mandatos judiciales. Hernando contestó así a la pregunta de si el Parlamento vasco incurría en algún delito por negarse a cumplir las órdenes del juez Garzón. Asimismo, indicó que al órgano jurisdiccional competente, en este caso el juez Garzón, le corresponde la obligación de juzgar y hacer ejecutar lo juzgado, como establece nuestro ordenamiento jurídico.
En cuanto a si existía un conflicto de poderes, dijo: «No hay conflicto de poderes en absoluto. Hay un juez que realiza su cometido y otra institución del Estado que no se conforma o no está de acuerdo, e inicia los trámites pertinentes por una vía excepcional sin duda, que es ejercitar una acción directa contra el juez». El fiscal general del Estado, Jesús Cardenal, señaló que esperará a conocer el informe del Parlamento vasco que dio lugar a que esta Cámara no suspendiera a Batasuna, como ordenó el juez, para decidir si emprende acciones legales.
El portavoz del Consejo General del Poder Judicial (CGPJ), Enrique López, afirmó que plantear un conflicto jurisdiccional es «la mejor salida» a la situación creada por la negativa del Parlamento vasco a aplicar el auto de suspensión de actividades de Batasuna dictado por Garzón. La opinión de López es compartida por las asociaciones judiciales Asociación Profesional de la Magistratura y Jueces para la Democracia.