La reserva de ses Salines y los Freus de Formentera están amenazados por el turismo naútico, ya que el anclaje destruye gran parte del fondo marino. Esta es una de las principales conclusiones que se extraen del estudio que ha realizado el buque oceanográfico «Kommandor Iona» en el mar balear.
La pesca es otra de las amenazas del fondo marino balear. De este modo, en el Cap de Sa Creu, frente a Formentera, la pesca de arrastre está destruyendo numerosas esponjas.
Por ello, Oceana insta a las administraciones a que protejan como mínimo el 10 por ciento del área marina balear, ya que hasta la fecha únicamente lo están el 0'75 por ciento.
La expansión de algas de especies exóticas en el fondo marino balear está poniendo en peligro a las autóctonas y algunas de ellas podrían desaparecer. Cabe señalar que estas algas provienen del Índico, del Mar Rojo e incluso de Australia y han llegado al Mediterráneo a través del agua de lastre.
Estas algas exóticas se extienden muy rápido, ya que hace cinco años no estaban y ahora ocupan miles de hectáreas, alcanzando incluso los 80 metros de profundidad. Estas especies se han concentrado especialmente en el Canal de Mallorca, llegando incluso hasta Cabrera. Además, el calentamiento del agua favorece aún más su extensión y precisamente el agua del Mediterráneo se ha calentado entre uno y dos grados en los últimos años. Una de las algas más típicas del Mediterráneo que está siendo reemplazada por estas nuevas especies es la «cistoseira». Además, algunas que son exclusivas de esta zona, como la «cistoseira baleárica», también podría desaparecer.
El director de Investigación de Oceana Europa, Ricardo Aguilar, sostiene que la expansión de estas algas exóticas cambiará completamente el paisaje del fondo marino y «provocará cambios bastante fuertes de los ecosistemas mediterráneos».
De este modo, podrían desaparecer algunos moluscos y crustáceos que no puedan adaptarse a las nuevas algas. Los tiburones y las rayas son algunas de las especies que corren mayor peligro, incluso la raya común puede que ya haya desaparecido de la zona. Lo mismo ocurre con el tiburón peregrino, el marrajo o el zorro. El erizo marino, la caracola de púas largas o la caracola tritón también están amenazadas. Aguilar sostiene que «el deterioro del fondo marino balear se incrementa de forma acelerada».
No obstante, puntualiza que en los fondos marinos la conservación aún es buena, gracias a que en Balears practicamente no hay industria pesada ni una flota pesquera muy grande.
En el este de Cabrera han encontrado bosques de algas laminarias, así como un arrecife de coral fósil en Cabo Blanco (Mallorca), sobre cuya parte sumergida aún crecen arrecifes de coral autóctono del Mediterráneo. Se trata del único que queda en este mar.