El acuífero de s'Estremera presenta actualmente un problema acusado de sobreexplotación, existiendo un déficit notable en su balance histórico, con descensos acumulados del nivel que se acercan a los cien metros durante los últimos 25 años, encontrándose actualmente por debajo del nivel del mar. Ésta es una de las conclusiones del recientemente acabado estudio sobre el estado de las aguas subterráneas en Balears, realizado, en un ejemplo de colaboración institucional, por la Direcció General de Recursos Hídrics de la Conselleria de Medi Ambient y por el Instituto Geológico y Minero de España (IGME), del Ministerio de Ciencia y Tecnología.
El trabajo es fruto de un convenio entre las dos administraciones para establecer una red de control de la cantidad y calidad del agua en las unidades hidrogeológicas del Archipiélago, y es el primero de los estudios que se harán anualmente a partir de ahora, con informaciones públicas de sus contenidos. Con todo, hay que decir que se han realizado controles de los acuíferos de Balears desde mediados de los años 70.
En el caso de s'Estremera, que es el acuífero más importante, por cantidad y calidad del agua, en el suministro a la bahía de Palma, se ha detectado un vaciamiento acumulado de al menos 10 hectómetros cúbicos. A pesar de la intensa explotación que padece esta unidad hidrogeológica, no se registran problemas de calidad, ya que el acuífero se encuentra desconectado del mar. Es decir, s'Estremera tiene poca agua, pero la mantiene muy buena.
En este sentido, según Rosa María Mateos, directora del IGME en Balears, parece que existe una barrera geológica entre s'Estremera y el mar que imposibilita la intrusión marina en el acuífero. Eso explicaría la alta calidad de su agua. De todas formas, no resulta conveniente mantener este ritmo de explotación y constatar más adelante una incipiente salinización, peor no es probable que eso suceda».